1970年代
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深圳首條巴士路綫於1975年開通，來往羅湖海關/僑社客運站及東門汽車站（現今1路的前身），全長2.3公里，實行分段收費，全程0.2元，配車2輛，由寶安縣深圳鎮人民汽車公司營運，主要服務從香港回內地的乘客。
1979年，深圳鎮人民汽車公司更名為深圳市巴士公司，巴士路綫增加至兩條，共有12輛車，此時深圳除火車站東、西廣場設有固定場站外，其他場站均為臨時設置，也不設固定的中途站。[3][4]
1980年代
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巴士大巴
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1980年，深圳經濟特區成立，巴士服務開始發展。深圳市巴士公司引入深圳第一批售票員，此時車票價格1角。至1982年，深圳共有5條巴士路綫：火車站/僑社至水庫、火車站/僑社至東門汽車站、東門汽車站至福田路口、北方大廈至南頭、東門至沙頭角，配車共24輛。此後相應的配套設施也逐漸完善，1983年在福田路口、黃貝嶺、水庫新建固定巴士場站，並新建60個候車亭。此後巴士站也開始獲得系統性的站名。
1983年，巴士開始定時定點行駛，各路綫從早上6～7時開始發車，至晚上16～19時收班，車次約2小時一班。至1985年，特區內巴士路綫達20條，並開始編號，編訂發車間隔、準點率、配車數、行駛班次及行駛路徑，發車間隔大幅壓縮，高峰期每2～5分鐘一班車，非繁忙期每5～9分鐘一班車。1988年，深圳巴士3路開通首個「大站快車」服務，只停靠沿線重要站點，並引進無線電通訊系統以方便調度。
當特區內的巴士服務逐漸完善時，特區外及來往特區內外的巴士服務也開始發展。1985年，首批「城鎮郊縣巴士」開通，包括特區至溪沖、小梅沙、觀瀾、平湖及南頭至新安的路綫，此後寶安縣巴士公司於1989年開辦寶安縣城至羅湖、西鄉街道、固戍、中和、中醫院四條專線。隨着道路的修建，城鎮郊縣巴士路綫逐漸增加。[3][4]
1988年深圳展開了推普工作，除地鐵外，所有巴士粵語報站取消。
公共中小巴
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經濟特區成立後，隨着市區範圍擴大及特區人口的增長，公共交通需求逐漸增大，但普通巴士大巴運力不足，路綫未能覆蓋特區的各個角落。1980年左右，深圳開始出現「營運中小型客車」，此類客車按的士牌照登記，行經巴士大巴不經過的工業區、住宅區、小巷子等，揚手即停，停靠站點不固定，收費便宜，營運模式類似於香港的白牌車（香港小巴的前身），極大地方便了居民的出行，因此很受市民歡迎。至1985年，便有逾1000輛營運中小型客車在深圳行駛，服務範圍也延伸到特區外。
1989年，深圳交通部門決定開闢公共中小巴路綫，並將路綫通過競投方式承包給深圳市巴士公司及西湖企業發展公司營運。同年6月15日，首條公共中小巴路綫（1號線，來往東湖客運站及福田客運站）開通，配車13部，至1989年底共有6條路綫共64輛車投入營運。此後，通過將營運中小型客車轉型為公共中小巴的方式，深圳的公共中小巴服務開始發展，並逐漸成為重要的交通出行方式。[3][4]
1990年代
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1991年5月31日，深圳巴士開闢2條夜間服務專線，服務時間21:30至次日凌晨2時。至1992年底，深圳營運公共中小型客車達2157輛，其中特區內公共中小型客車有555輛，路綫36條。全市有9條路綫開設夜間服務。
1992年11月，深圳巴士正式推出10路、203路無人售票路綫，為全國第一個實行巴士無人售票的城市。
1993年，深圳市巴士公司成為獨家行使特區內巴士專營權的企業。
1996年11月，深圳率先使用IC卡電子錢包刷卡收費管理系統，解決零鈔短缺、兌換難題，開創了全國巴士行業電子支付的新時代。
2007年前
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公共中小巴退出特區
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自深圳有公共小巴以來，已浮現出一系列營運和管理上的問題來：比如車外破、車內臟，或宰客、甩客、違章、違規經營、過度競爭、服務人員質量不高等問題。凡此也漸漸成為深圳市民投訴的熱點。
於2000年，深圳開始力圖規範中小巴的營運，首次推出了公共中小巴行業違章末位淘汰制度，51名公共中小巴駕駛員因違章次數過多被吊銷營運車輛駕駛准許證。同年11月，政府嚴禁中小巴超載，一時成為市民討論的熱點問題。
2003年，在這年深圳春運工作總結大會暨道路運輸工作會議上，深圳市交通局負責人宣布：從2003年開始，公共中小巴將逐漸從中心城區退出。2005年4月，深圳媒體報道，公共中小巴將以「三個一批 」（淘汰一批、轉移一批、轉換一批）的方案實施退出計劃。[5]而到了2006年7月1日，深圳中小巴正式於深圳原二線關內停止服務。[6]
2007年後
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巴士專營化改革
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自1992年深圳經濟特區實行巴士專營制度後，特區內的巴士路綫一直由深圳巴士集團及其子公司經營，但來往特區內外及特區外的巴士路綫（原先的「城鎮郊縣巴士」）一直實行市場化管理，路綫以承包方式交給企業經營。[7]市場化的管理模式引進民營資本參與競爭，促進了巴士行業的發展，但也導致了過度競爭和資源浪費，部分偏遠地區巴士服務不足。此外，由於政府監管不到位，私改路綫、私自漲價、超速超載等現象一直未能根除。由於經營企業多，各企業性質、背景、公司利益不同，政府難以統一地實施便民政策，使得推廣深圳通、降低票價、提升服務質量等相當困難。[8][9][4]
為提高巴士服務質量，2007年9月19日，深圳全市開始實施巴士專營化改革，成立東部公交、西部公汽兩家專營公司，並開始將深圳市的34家巴士經營企業整合為深圳巴士集團、東部公交、西部公汽三家，分別經營關內、龍崗、寶安的巴士路綫，而其餘企業則採取整合進新公司、改行取得的士經營權或者獲得政府補償後退市。[10][11]同年12月31日，東西兩家巴士企業接手首批18條巴士路綫，其中西部公汽接手11條寶安區路綫（719、720、721、722、723、725、726、727、728、729、730），東部公交接手7條龍崗區路綫（923、926、928、929、933、935、936）。[12]
此後政府要求全市所有巴士路綫的整合工作需在2010年1月26日前完成。然而，由於部分路綫承包關係複雜，政府與原有經營者的談判進展緩慢，直至2009年僅有60%的路綫完成整合。[4]同時在已整合的路綫上，由於員工薪資、福利待遇問題而發生多次罷駛事件。[13]儘管媒體報道巴士路綫整合工作於2010年1月27日凌晨完成，[14]但是到目前為止，天誠運輸、金華南、橫崗運輸等企業的路綫仍未整合，部分路綫的車輛雖然在整合後貼上了三大專營企業的標誌，或是直接由三大專營企業派車，但路綫經營權仍未收回，媒體也屢次曝光未整合路綫車輛破舊、發車間隔長的問題。[15][16]此外部分巴士化客運班線（包括觀光路綫、機場巴士路綫等列在巴士站牌上而屬客運班線的路綫）及城際巴士路綫未被整合。
三層次巴士線網
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2010年代
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2013年8月31日，深圳最長巴士路綫310-315環線正式拆分為M413、M414、M415三條路綫，以提高巴士線網運行效率，降低安全隱患。310-315環線原為運發鵬程經營的銀湖來往沙井的310路及銀湖來往松崗的315路，之後由於場站資源不足，兩線合併，此後交由深圳城巴經營，後於2010年轉交東部公交經營。該線全長122公里，配車130輛，全程運行需5至6小時。[17]
2016年8月24日，隨着深圳巴士集團第三分公司236路的5輛、M459路的4輛非空調普巴正式退役，深圳公交巴士實現全面空調化。[18]
2017年7月，深圳唯一一條J字頭路綫J1路正式中止營運，並被拆分為M519（皇崗口岸-海上世界）、M520（大梅沙-福田公共運輸交匯處）兩條路綫。[19]J1路和J2路原定於2005年5月1日以「捷運巴士」的名義開通，最終由深圳巴士集團營運，最初被用作「巴士快速交通的嘗試性路綫」。[20]
M206內部（比亞迪K8）
純電動客車
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2005年11月，深圳巴士集團借來2輛電動巴士，並投放在11路進行試營運，這是深圳巴士第一次引進純電動巴士進行試運行，但由於綜合營運成本太高，兩輛純電動巴士試營運數十日後便被退回廠家。[21]
時隔5年，2011年，巴士集團首批共2台比亞迪K9純電動巴士投放至202路試營運，[22]之後西部公汽也投放第一批共10輛K9純電動巴士。[23]於大運會期間，深圳三大巴士專營企業共投放253輛純電動巴士。[24]此後除了K9外，五洲龍FDG6113EVG（投放於幹線巴士路綫）、FDG6751EVG（投放於支線巴士路綫）等款式的純電動巴士也開始投放。
但在純電動巴士引進初期，由於資金、場站、技術等問題，車輛大規模置換較為困難。純電動巴士的價格普遍高於普通巴士，經營企業主要通過融資租賃、擴大應標廠商範圍、政府補貼等方式降低開支。原有巴士場站有八成以上是租賃而來，難以安裝固定充電樁，經營企業只能將充電樁安裝在固定場站或簽訂租約較長的地點，安裝及經營由其他企業負責，並實行一樁多充、夜間充電等措施，降低建設成本和電費。早期引進的純電動巴士由於技術不成熟、製造工藝不過關等緣故，頻頻出現故障，巴士集團的五洲龍純電動巴士甚至發生過充導致的火災事故。[25][26][27][28]後續投放的純電動巴士在技術和質量上有所提升，但仍因起步過快、低頻噪音導致暈車等問題而遭詬病。[29]
2012年9月22日，巴士集團在226路集中投放15輛純電動巴士，標誌着深圳市純電動大巴開始較大規模集中營運，此時深圳三大巴士專營企業共有純電動大巴253輛，純電動中巴26輛。[30]
在接下來數年，三大巴士企業投放的新能源巴士仍以插電式混合動力客車為主，直至2016年，純電動巴士投放開始進入大規模投放階段。2016年中旬，深圳巴士集團向四家中標單位採購3573輛純電動巴士，總價達18億元人民幣，其中除比亞迪外，還有首批共967輛南京金龍純電動客車，投放於客量小的路綫；東部公交亦向比亞迪採購3024輛純電動巴士，總價達18.12億元；西部公汽也向比亞迪採購3700多輛純電動巴士，但之後各車型採購數量有所調整。[31][32]
2016年內，深圳三大巴士企業共投放超過10000輛純電動巴士，累計投放約1.5萬輛，[33]型號包括比亞迪K8、K7、K6、C9、C8（K7、K6投放於客量小的路綫，C9、C8為觀光巴士規格）等，以及南京金龍開沃NJL6859BEV9。隨着巴士隊的純電動化，原有的柴油巴士、混合動力巴士、LNG巴士逐步退役。
2017年6月8日，深圳巴士集團的最後一輛柴油巴士（車牌：粵BJ9606）正式退役，標誌着巴士集團旗下車隊5698輛巴士實現全面電動化。[26]此時東部公交共有4965輛純電動巴士，全面電動化接近完成，西部公汽則達到80%電動化[34]。直至2021年12月31日西部公汽柴油車全數退役後，深圳三大專營公司巴士輛全面實現電動化。
LNG客車、混合動力客車
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2009年12月17日，深圳市首批15輛LNG巴士投放儀式在僑城北綜合車場舉行。本次投放儀式後，近期內將有300輛陸續在深圳巴士集團，東、西部巴士公司投放營運。僑城北綜合車場也成為深圳市首個LNG巴士綜合服務維保中心，為今後大規模投放LNG巴士提供綜合維保服務。LNG巴士使用天然氣作為能源，排放污染物大大降低。[35]